Thành bang Giri Kedaton vốn là chư hầu của Mataram từ thời Sultan Agung vào khoảng đầu đến giữa thế kỷ 17, nhưng họ hỗ trợ cuộc nổi dậy Trunajaya. Panembahan Ageng Giri tích cực tìm kiếm sự hỗ trợ để tăng cường lực lượng của quân nổi dậy.

Sau khi lên ngôi, Amangkurat II đến Kadilangu, huyện Demak, để gặp Panembahan Natapraja, một trưởng lão khôn ngoan, bất khả xâm phạm và thông minh, người có những binh lính sẵn sàng giúp đỡ Amangkurat I. Panembahan Natapraja, với tư cách là hậu duệ của Sunan Kalijaga, được yêu cầu viết lại lịch sử Java, vì bản viết gốc đã bị quân nổi dậy đốt. Điều này trở thành nguồn gốc của Babad Tanah Jawi. Amangkurat II cũng liên minh và ký hiệp ước với Công ty Đông Ấn Hà Lan để có được hỗ trợ về vũ khí nhằm trả thù Giri Kedaton.

Giri Kedaton trở thành đồng minh cuối cùng của Trunajaya còn lại lực lượng vũ trang lớn. Vào tháng 4 năm 1680, Panembahan Natapraja thực hiện một cuộc xâm chiếm quy mô lớn vào Giri Kedaton, được Công ty Đông Ấn Hà Lan hỗ trợ. Người chỉ huy giỏi nhất và cũng là đệ tử đáng tin cậy của Giri Kedaton là Vương tử Singosari (Senopati Singosekar). Cuối cùng ông ta đã bị giết khi đấu tay đôi với Panembahan Natapraja. Binh lính của Panembahan Natapraja có số lượng ít nhưng vẫn có thể tàn phá Giri Kedaton.

Panembahan Ageng Giri bị bắt và bị kết án tử hình bằng roi. Gia đình ông cũng bị tiêu diệt. Điều này đánh dấu mốc kết thúc của Giri Kedaton.

Vào năm 1683, một thành viên của gia tộc Kajoran là Wanakusuma đã nổi dậy. Cuộc nổi dậy có căn cứ tại Gunung Kidul của ông ta bị đàn áp thành công.